Mesto Pezinok má 6 partnerských miest:

Neusiedl am See (Rakúsko)

Mosonmagyaróvár (Maďarsko)

Na pôde mesta Neusiedl am See dňa 21. 6. 2000 podpísali primátori miest Pezinok, Neusiedl am See (Rakúsko) a Mosonmagyaróvár (Maďarsko) zmluvu o partnerstve. Jej signatármi za jednotlivé mestá boli vrcholní predstavitelia ich samospráv, ktorí tak prejavili za svojich občanov záujem o komunikáciu i za hranice svojho mesta.

Cieľom spolupráce je podporiť a prehĺbiť cezhraničné kontakty v kultúrnej rovine, odbúrať predsudky a vybudovať trvalé priateľské spojenia. Mestá sa každoročne spoločne prezentujú na veľtrhu cestovného ruchu Slovakiatour v Bratislave a na Vinobraní; spolupráca prebieha aj v oblasti rôznych záujmových skupín (dôchodcov, športovcov, škôl).
 

Mladá Boleslav (Česká republika)

Dohoda o spolupráci medzi mestami Pezinok a Mladá Boleslav bola opätovne podpísaná 17. júna 1994 pri príležitosti 45. výročia trvania partnerských vzťahov.

Ide o spoluprácu sa obecnej rovine s tým, že obe mestá vyjadrili záujem a podporu spolupracovať v oblasti samosprávnych orgánov, záujmových a spoločenských organizácií a spolkov, školských a kultúrnych inštitúcií, podnikateľských subjektov.

Praktické realizovanie partnerských vzťahov sa realizuje pri návštevách delegácií oboch miest predovšetkým na významných spoločenských a kultúrnych akciách.
 

Izola (Slovinsko)

Dohoda o spolupráci medzi mestami Pezinok a Izola bola podpísaná 22. 4. 2006 primátormi oboch miest. Boli tak oficiálne spečatené niekoľkoročné kontakty medzi študentmi, športovcami a podnikateľmi oboch miest a signatári dohody potvrdili obojstrannú vôľu v partnerstve pokračovať spoluprácou v oblasti cestovného ruchu, podnikania, výmeny skúseností v oblasti samosprávy a spolupráce škôl a spoločenských a profesných organizácií a inštitúcií.

Kyjov (Česká republika)

Primátor Mesta Roman Mács počas víkendu (3.8. 2024) navštívil mesto Kyjov, kde spolu so starostom Františkom Luklom slávnostne podpísali Memorandum o partnerstve a spolupráci s týmto moravským mestom. Pezinok a Kyjov v ňom deklarujú záujem o nadviazanie partnerstiev medzi pezinskými a kyjovskými školami športovými klubmi, vinárskymi združeniami ako aj podnikateľským sektorom. 

"Sme presvedčení, že naša spolupráca prispeje nielen k spoločnému spoznávaniu sa, ale zároveň vytvorí základ pre vytváranie nových možností, či už v oblasti ekonomiky, politiky a spoločenského života," povedal o podpise memoranda primátor Mács. Obaja partneri zároveň vyjadrili presvedčenie, že partnerstvom a vzájomnou spoluprácou výrazne prispejem k zbližovaniu občanov Slovenskej a Českej republiky v zjednotenej Európe, ktorá je naším spoločným cieľom. Primátor Mács dodal, že jedným zo zmyslov memoranda je aj vymieňanie si skúseností a vedomostí z oblasti riadenia samosprávy a vecí verejných, ale aj z oblasti fungovania spoločenských a profesných organizácií a inštitúcií. 

Podpisu memoranda predchádzalo niekoľko stretnutí predstaviteľov oboch miest. Ešte v marci tohto roka navštívili Pezinok vicestarosta Kyjova Kamil Filípek a predsedníčka zahraničnej komisie mesta Eva Kostihová. Obe strany už vtedy prejavili živý záujem o spoluprácu a položili základ pre prepojenie miest Pezinok a Kyjov prostredníctvom cyklotrasy, ktorá by okrem oboch miest zároveň prepojila Bratislavský, Trnavský a Jihomoravský kraj.
 

Most (Česká republika)

Dňa 14.11. 2024 Mestské zastupiteľstvo v Pezinku schválilo memorandum o partnerstve s mestom Most (Česká republika). Toto nové partnerstvo nadväzuje na dlhoročné vzťahy medzi slovenskými a českými samosprávami. Cieľom memoranda je posilniť spoluprácu medzi školami, športovými klubmi a kultúrnymi inštitúciami, ako aj rozvíjať nové možnosti v oblasti ekonomiky a spoločenského života. Spolupráca prispeje nielen k spoločnému spoznávaniu sa, ale aj k vytváraniu nových možnosti v oblasti ekonomiky, politiky a spoločenského života, výrazne prispeje k zbližovaniu občanov Českej a Slovenskej republiky. Most sa tak pripojí k existujúcim partnerským mestám Pezinka, medzi ktoré patria Mladá Boleslav, Mosonmagyarórvár, Neusiedl am See, Izola a Kyjov.